برای شناخت اسماعیلیه در ایران باید ابتدا از حسن صباح شروع کرد.
حسن صباح از ایرانیانی بود که در دوره سلجوقی قیام کرد و رهبری شیعیان اسماعیلی را در ایران به عهده گرفت . حسن صباح در اواسط قرن پنجم هجرى در قم در خانواده اى شیعى به دنیا آمد. بعد از تحصیلات ابتدایى راهى رى، مرکز علمى آن زمان ایران، گردید. در آنجا با امیر ضرّاب، داعى اسماعیلى آشنا شد و به کیش اسماعیلیه درآمد.حسن صباح بعد از دو سال حضور در اصفهان و شاگردى نزد ابن عطاش در سال ۴۶۹ هجرى راهى قاهره شد و در سال ۴۷۱ هجرى به قاهره رسید. در قاهره معلوم نیست که چه اتفاقاتى افتاده است، ولى گویا بحث و جدالهایى با بعضى از وزیران دربار داشته است. او در سال ۴۷۳ هجرى به ایران بازگشت. او به عنوان داعى اسماعیلى به مناطق مختلفى سفر کرد و به تبلیغ کیش اسماعیلى پرداخت. در حوالى سال ۴۸۰ هجرى نواحى دیلم و الموت توجه حسن صباح را به خود جلب کرد و او تمام فعالیت خود را در آن نواحى متمرکز ساخت. حسن صباح با کمک داعیان دیگر توانست تعدادى از افراد قلعه الموت که در دست زیدیان بود به کیش اسماعیلى درآورد. او مخفیانه به قلعه الموت وارد شده و با کمک اسماعیلیان آنجا بدون درگیرى قلعه الموت را فتح کرد.
حسن صباح کتابخانه ای در الموت داشته و دانشمندی بوده، که به دانش های ستاره شناسی و داروسازی گرایش داشته است . همچنین او مردی برجسته و شگرف بود ، سیاستمداری مدیر و مدبر ، سازمان دهنده ای توانمند، متفکر ، پارسا و مردی پرهیزکار بوده است . وی را سیدنا " سرور ما " می نامیدند .

قلعۀ الموت پیش از صباح

از خلال منابع تاریخی بر می آید که دژ الموت در سده دوم هجری قمری بنا شده و در زمان حسن صباح قلعه ای مستحکم و آباد بوده است. قلعه الموت پس از علویان مازندران که بناکننده آن بودند به تصرف مردآویج و آل زیار و پس ازآن آل بویه درآمد و پس از آل بویه، سلجوقیان آن را تصرف کردند.

حسن صباح در شب چهارشنبه ششم رجب سال ۴۸۳٫ق با گروهی از یاران و داعیان مبارز و چند تن از مریدان و هواخواهان خود، که از ساکنان الموت بودند، مخفیانه به الموت واردشد و 35 سال در آنجا ماند هنگامی که حسن صباح بر الموت صعود کرد و در آنجا مستقر گشت، درحدود شصت‌سال داشت. الموت درست چسبیده به شمال سلسله‌کوههای عظیم هودگان قرار دارد و اطراف کوه سیالان را احاطه کرده است. این کوه ۴۶۰۰ متر ارتفاع دارد، در پشت این قسمت کوههای البرز با شیب تدریجی به سوی اشکور و دریای خزر می‌روند. قلعه الموت بر سر کوهی است که اطراف آن پرتگاههای عظیم و بریدگیهای عجیب دارد

پس از تسخیر الموت، در حقیقت تاریخ اسماعیلیان ایران آغاز می‌شود. در ابتدای کار، حسن صباح دو مساله را مدّنظر داشت: ۱ــ مردم را به کیش اسماعیلی درآورد ۲ــ قلاع بیشتری تسخیر کند.

پیروان صباح باطنی نامیده میشدند چون طرفداران حسن صباح دین خود را مخفی می‌کردند به باطنی معروف شدند و آنها معتقد بودند که آنچه را که در دین‌شان به آن اعتقاد دارند از باطن قرآن و معانی درونی دین برداشت می‌کنند و بنابراین باطنی نامیده شدند.

تسخیر قلعه الموت آغاز قدرت حسن صباح و پیروان وی بود. فعالیت اسماعیلیان در ایران آنچنان سریع و شدید بود که در مدت کوتاهی بسیاری از دژها و قلعه‌های استوار و شهرکهای مستحکم نقاط کوهستانی ایران را به تصرف خود درآوردند. طبس در این زمان پایتخت اسماعیلیان قهستان، و نیز مرکز آموزش فدائیان مطلق (که مستقیماً از قلعه الموت دستور می گرفتند) بوده است.

حسن صباح پس از تصرف قلعه‌های مستحکم و ایجاد سازمان نیرومند و انعطاف‌ناپذیر، مبارزه بر ضد بزرگ‌ترین نمایندگان طبقه حاکمه دولت منفور عباسیان، یعنی سلجوقیان و دیگر امیران منطقه، را آغاز کرد. وی چون در این مقابله فاقد نیروی جنگی کافی بود، اسلوب قتلهای فردی را در پیش گرفت و دستور کشتن اشخاص را صادر ‌کرد. قاتلان فدائی، به فرمان رهبر اسماعیلیه، به شکل بازرگان، گدا، مستخدم یا درویش درمی‌آمدند، همه‌جا، در کاخ امیر و مرکز ستاد سران نظامی و مسجد و بازار شهرها، نفوذ می‌کردند و خنجر مرگبار را در قلب قربانی خویش فرو می‌کردند. اسماعیلیان مقدمات این قتل را کاملاً در خفا فراهم می‌کردند، ولی نقشۀ خود را همیشه در ملاء عام انجام می‌دادند. به‌طوری‌که حاکمان ولایات در برابر قدرت شگرف نهانی آنان اعتراف به عجر می‌نمودند و با بیم و هراس مخصوصی می‌زیستند و هر روز منتظر واقعه‌ای ناگوار برای خود و اطرافیان خود بودند. برای مقابله و سرکوبی این جنبش عظیم اجتماعی طبق فرمان ملکشاه سلجوقی چندین‌بار نیروی نظامی برای تسخیر الموت، پایتخت رفیع حسن صباح، اعزام گردید. در مجموع مدت یازده‌سال قلعه الموت همیشه در محاصره بود، ولی حسن صباح و یاران پرشور و وفادارش با رشادت و شهامت کم‌نظیری پایداری کردند و قوای دولتی با همه تلاش و کوششی که به عمل آوردند، هیچ‌گاه موفق نشدند آنجا را تسخیر کنند.

گروه‌های مختلف نزاری(شاخه ی اسماعیلیه که حسن صباح به آن اعتقاد داشت)، در هرجا که بودند، تا حد زیادی استقلال داشتند و به رأی و ابتکار خود کار می‌کردند؛ اما خارجیان هرگز نتوانستند از این خودرأیی استفاده کنند و آنها را به دشمنی یکدیگر وادارند. حسن صباح در زمان شورش، از دارالجرۀ الموت نقش رهبری را به دست گرفت، و از آن‌ زمان، داعی الموت، بی‌چون‌وچرا، نسبت به دیگر داعیان ریاست و پیشوایی یافت. گویند ابومحمد، که در این ایام ریاست اسماعیلیان شام را بر عهده داشت، اصلاً از الموت فرستاده شده بود؛ و امرای شام هنگام قتل‌عام دمشق، از انتقام الموتیان به جان می‌ترسیدند. جنگهای قهستانیان و الموتیان سخت به هم پیوسته است، و گویند، این حسن صباح بود که از الموت، به تهدید سلطان سنجر دست زد تا وی را از اقدامات مضر علیه اسماعیلیان باز دارد. وقتی‌که حسن صباح می‌میرد، می‌بینیم که ابوعلی اردستانی به قلاع و رباط‌ها رفت تا برای کیابزرگ از اسماعیلیان بیعت بگیرد. در زمان حسن دوم نوة، کیابزرگ امید، سخت‌ترین و شاق‌ترین فرمانهای الموت را نزاریان، در همه‌جا اطاعت می‌کردند.

قلعه‌های اسماعیلیان که در حقیقت پایگاه‌های نظامی و مراکز دعوت مذهبی ــ سیاسی شمرده می‌شدند، تحت نظام سیاسی ویژه‌ای، زیر نظر حسن صباح و جانشینان او اداره می‌شدند، و از دستورات الموت اطاعت می‌کردند که پایتخت قلعه‌ها شمرده می‌شد. در این دستورات و اوامر چون و چرایی نبوده است. بر هر قلعه‌ای از سوی حسن صباح و جانشینان او یک داعی حکومت می‌کرد که تحت نظام خاص داخلی و استقلال محلی نسبی ویژه‌ای، (که اکنون این‌گونه حکومت را در اصطلاح سیاسی امروز «حکومت فدرال» می‌نامند) قوانین را اجرا می‌کرد، ولی در امور مهم خارجی و عمومی، مطیع فرمان الموت بود. تاسیس این تشکیلات از طرف حسن صباح به این خاطر بوده است که او به طورکلی از خلافت فاطمی مصر قطع رابطه کرده و در خط‌مشی سیاسی و مذهبی، راه دیگری در پیش گرفته بود، ازاین‌رو سعی کرد که داعیان در قلعه‌های تحت فرمان او، از نظر سیاسی و عقیدتی راهی جز راه خلافت فاطمی مصر در پیش گیرند.

خداوند الموت اسماعیلیان ایران را متحد کرد و سازمان فداییان اسماعیلی را بنا نهاد ، این سازمان وظیفه داشت کارهای غیر ممکن را به ممکن تبدیل کند مانند قتلهای افرادی که بیش از حد مزاحمت ایجاد میکرند . کشته شدن خواجه نظام الملک وزیر معروف ملکشاه سلجوقی به فداییان نسبت داده میشود، مرگ الب ارسلان پدر ملکشاه سلجوقی هم به اسماعیلیان نسبت داده شده. در زمان حسن صباح ، الموت یکی از مراکز اصلی پرورش گیاهان دارویی و داروسازی به شمار میرفته.کارگذاران حسن صباح در این شهر به پرورش گیاهان دارویی و ساخت داروهای سنتی و فروش انها مشغول بودند و به همین علت انها را حشاشین به معنای دارو ساز و دارو فروش می نامند نه بدلیل مصرف مواد مخدر(حشیش). حسن صباح داروهای تولید شده در الموت را با کمترین قیمت به فروش میرساند و همواره هدفش خدمت به بیماران بی بضاعت بود. در الموت بیمارستانی به دستور خداوند الموت ساخته شده بود که این بیمارستان در تمام ایران و اطراف شناخته شده بود و همواره بیماران بی بضاعت به این بیمارستان مراجعه میکردند. به احتمال زیاد فرقه مذهبی بیمارستان و به زبان اصلی هوس پیتال که در نیمه دوم قرن دوازدهم میلادی از طرف کشیشان مسیحی برای بیماران در فلسطین ساخته شده بود و در کشورهای اروپایی دارای شعبه بوده و عاقبت به جزیره مالت واقع در دریای روم رفته و در انجا به فرقه مذهبی شوالیه های مالت تبدیل شد تقلیدی از بیمارستان شهر الموت بوده که فرقه مذهبی اسماعیلی ان را اداره میکرده. ولی بعید به نظر میرسد که کشیشان در بیمارستان خود اینچنین به بیماران خدمات میرساندند. بیمارانی که از هر نقطه به الموت می امدند بدون پرداخت وجهی در بیمارستان بستری میشدند و به بهترین شکل درمان می یافتند. ساکنین شهر الموت همواره برای خود کفایی به زراعت مشغول بودند زیرا این پیشه از قوانین این شهر بشمار میرفت. مردم شهر الموت همواره می بایست برای امادگی در نبرد ورزش و تمرینهای نظامی میکردند که این تمرینها ریشه در ورزشهای باستانی ایرانیان داشته مانند میل زدن، کباده کشی، کشتی باستانی، پیاده رویهای طولانی مدت و.......... جالب اینجاست که خود حسن صباح همواره در این تمرین ها شرکت میکرده ، نه به عنوان مربی یا فرمانده بلکه به عنوان ورزشکار یا سرباز.
حسن صباح همواره باخلیفه بغداد وعاملان ترک انها در جنگ بود. هدف اصلی قیام حسن صباح به گفته خود او احیای دوباره حکومتی ایرانی اسماعیلی که دور ا ز ظلم و ستم باشد بوده است. نفوذ حسن صباح به حدی بود که بعد از مرگ ملکشاه سلجوقی برکیارق جانشین وی با تایید و رضایت حسن صباح به حکومت رسید. حسن صباح نابغه امور نظا می بود . قلعه های غیر قابل نفوذ داشت و هیچگاه هیچکدام از قلاع اسماعیلی تسخیر نشد تا در زمان هولاکو مصالحه ای بین خواجه نصیرالدین طوسی و خورشاه اخرین فرمانده اسماعیلیان صورت گرفت و از ان پس اسماعیلیان تسلیم شده و کمکم اکثریت پیروان این فرقه به مذاهب دیگر گرویدند. حسن صباح همواره با خلفای عباسی و سلجوقیان جنگید و هرگز از در اطاعت با انان در نیامد و همواره در تمام نبردهای خود پیروز میدان بود.حسن صباح در اواخر عمر خود از بیماری قلنج رنج میبرد و همواره بیشتر اوقات خود را صرف مطالعه و عبادت میکرد. خداوند الموت در سال 476 خورشیدی درحدود سن صد سالگی بر اثر بیماری قلنج فوت کرد. به وصیت او جسدش در منطقه نامعلومی دفن شد و هیچ مراسم و عزاداریی برایش برگزار نشد . وی در واپسین لحظات عمرش کیا بزرگ امید که از محبوب ترین یارانش بود را به عنوان جانشین خود برگزید. پس از صباح اسماعیلیان به کار خود تا زمان هلاکو مغول ادامه دادند.

چگونگی سقوط الموت و اسماعیلیان در ایران

قیام اسماعیلیان به فرماندهی حسن صباح در زمان پادشاهی عضد الدوله محمد الب ارسلان سلجوقی شروع شد و در زمان هلاکو خان مغول متوقف شد .هلاکو در سی ذی القعده 653/ اول ژانویه 1256 به همراه 129 هزار مرد جنگی از جیحون گذشت وتقریباً بدون هیچ مقاومتی بخش های شمالی فلات ایران را تصرف کرد و به پیشرفت خود به سوی غرب ایران ادامه داد. در آن هنگام، (رکن الدین خورشاه) رئیس اسماعیلیه بود. هولاکو او را به اطاعت از خود خواند؛ و (خورشاه) در (میمون دژ) پس از مشورت با خواجه نصیر الدین طوسی(که خود شیعه بود و با درایت او بود که شیعیان آسی کمی از این حمله بردند و با تحریک او بود که حکومت ظلم بنی عباس پس از سالیان دراز منقرض شد) و با توجه به قوای بسیار مغول که توان مقابله با آن در اسماعیلیان نبود پذیرفت که از هولاکو اطاعت کند؛ لذا برادر خود را به خدمت هولاکو فرستاد و خود نیز پس از یکسال تردید، سر انجام در ذیقعدهٌ سال 654 هجری قمری [فوریه 1256 میلادی] (باز هم بنا به توصیهٌ خواجه نصیر) از قلعه بیرون آمد و تسلیم شد.هولاکو خورشاه را محترم داشت ولی دستور داد که تمامی قلعه‌های اسماعیلیه را [که تعدادشان به حدود 100 قلعه می‌رسید] ویران کردند و اموالشان را به تاراج بردند.و بدین ترتیب حکومت اسماعیلیه بعد از 177 سال به پایان رسید .
در قلعهٌ الموت، کتابخانهٌ بزرگی بود؛ و (عطا ملک جوینی) که در آن سفر، هولاکو را همراهی می‌کرد، اجازه گرفت تا کتابهای نفیس و مهم را جدا کند و بقیه را که به اصول دین اسماعیلیه تعلق داشت بسوزانَد.
هولاکو (رکن الدین خورشاه) آخرین شاه اسماعیلی را به نزد برادر خود (منگو قاآن) فرستاد اما او در کنار رود جیحون بوسیلهٌ مأمورانی که او را می‌بردند کشته شد هلاکو بعد از شکست اسماعیلیه ، عازم بغداد شد و سلسلهٌ بنی عباس را منقرض کرد. در این عزیمت بزرگانی مانند عطاملک جوینی ، خواجه نصیرالدین طوسی و ابوبکر سعد اتابک در رکابش بودند .